Akademien består av cirka 170 svenska ledamöter och 60 utländska, samt fyra hedersledamöter. Bland ledamöterna återfinns musiker, sångare, tonsättare, musikforskare, pedagoger, musikadministratörer och journalister.
Verksamheten leds av styrelsen som består av preses, två vice presides och åtta ledamöter. Ständige Sekreteraren är föredragande i styrelsen och chef för personalen vid Akademiens kansli.
Akademien är också organiserad i fasta och tillfälliga nämnder och kommittéer underställda styrelsen. Fasta nämnder är förvaltningsnämnden med ansvar för förvaltningen av Akademiens kapital, stipendienämnden, forskningsnämnden, publikationsnämnden med flera.