Ett forskningssekretariat inrättades vid Akademien i början av 1980-talet. Dess uppgift är att följa aktuell musikvetenskaplig forskning inom och utom landet och att svara för de forskningsprojekt som bedrivs inom Akademien.
Under 80-talet koncentrerades insatserna på att dokumentera och beskriva den svenska musikhistorien, först genom att etablera ämnet musikarkeologi och att dokumentera den gustavianska operan i ett tvärvetenskaplig perspektiv. Samtidigt utgavs med statligt stöd den stora Musica Sveciae-antologin på fonogram, följt av musikhistoriehandboken Musiken i Sverige och den första samnordiska musikhistorien, Musik i Norden.
I början av 90-talet inleddes Musiken år 2002 som ett framtidsorienterat forskningsprojekt med syfte att kartlägga och beskriva ett antal problemområden i förändring. Det resulterade i en debattbok (Musik och morgondag), en antologi om ljudkonst, dans och estetik (Notera tiden) och 18 delrapporter.
Två av framtidsprojektets områden har fördjupats i fleråriga undersökningar. Det ena berör ljudmiljön som studerats och påverkats i ett aktionsinriktat projekt, det andra följer de musikaliska delkulturerna och deras relationer till den nya medievärlden.